運行初始啟動：海底管道施工完成后，管道在海床溫度下充滿水或氮氣，接近環境溫度。因此，管道在運輸前必須進行預熱。預熱從上游平臺到下游平臺進行。預熱水源一般為水源井熱水。管道停止和重新啟動：停止是管道中不可避免的條件。由于設備新，運行復雜，混合輸送管道更有可能停止輸送。因此，在管道停止運行時必須采取措施。
為保護水下管道，油田根據航行通知管理水下管道和電纜。每年檢查水下管道立管（保溫層、立管固定夾、陽極保護裝置），清理海生物，及時處理問題。一般委托合格的檢驗機構依據SY/T4804-92海底管道系統規范海底管道檢驗，并出具海上現場檢驗報告。
船舶和鉆井平臺進入管道保護區前，應向油田設施申請進入，經油田同意后方可進入。進入海底管道保護區的鉆井平臺和船舶必須了解海底管道的坐標和實際方向，了解故障預防措施，防止管道和電纜損壞。
日常維護和管理操作人員應嚴格執行海管的管理規定、操作規程和相關安全規章制度。合格單位應對海管壓力表進行半年的驗證，操作人員應每季度拆卸、比較、驗證或更換海管壓力表，以確保海管壓力表的正常使用。操作人員應按規定按時檢查海管（包括觀察海面情況），觀察和記錄海管入口、出口壓力、溫度等參數，及時處理問題。此外，還需要進行樣品分析和試驗，包括規模分析、酸溶解試驗、緩蝕劑和腐蝕試驗、酸洗液配方等。
海底管道清洗定期清洗，一般采用清管球（清管器）進行，清洗前需要制定詳細的通球方案。對于輸氣管道，應加注甲醇（乙二醇），以防止水化物堵塞管道。
